Ellátja a környezeti elemek minőségével és egészséghatásával kapcsolatos feladatokat, ennek keretében:

• monitorozza a lakosság egészségi állapotát veszélyeztető épített és természeti környezeti kockázati tényezőket;
• szakmai javaslatokat fogalmaz meg a káros hatások csökkentésére, ilyen célú intézkedéseket kezdeményez;
• szakmai javaslatokat fogalmaz meg a lakosság egészségi állapotának javítására;
• végzi a lakosság egészségromlását okozó környezeti ártalmak kockázatának becslését, hatásának csökkentését;
• szakmai támogatást nyújt a környezetkárosító hatások lehetőség szerinti kiküszöböléséhez, oly módon, hogy gondoskodik a környezeti elemek higiénés állapotának – humán- és környezet-egészségügyi szempontból – az elérhető legmagasabb szinten történő elemzéséről;
• vizsgálja a lakosságot a természeti és települési környezetből (levegőből, az ivóvízből, fürdővízből, talajból és az épített környezet különféle elemeiből) származó egészségkárosító hatások feltárása és a megelőzés lehetőségeinek vizsgálata, mind epidemiológiai, mind kockázatbecslésen alapuló módszerek, mind pedig humán biomonitoring keretébe);
• végzi a városi és falusi települések, a lakó- és középületek közegészségügyi követelményeinek meghatározását, ezek érvényesülésének értékelését, a lakókörnyezet egészségre gyakorolt hatásának vizsgálatát, különös tekintettel a beltéri levegő kémiai szennyezőire és azok hatásaira;
• rendszeres felmérést végez az ország összes általános iskolájában az iskolás gyermekek légúti megbetegedései gyakoriságának és azok környezeti tényezőkkel való összefüggésének tárgyában, valamint figyelemmel kíséri, szükség szerint vizsgálja a gyermekek fejlődését és egészségét befolyásoló környezeti feltételek alakulását;
• környezet-egészségügy területén szakvéleményezési feladatokat lát el. Végzi a több osztályt érintő környezet-egészségügyi szakvéleményezési feladatok koordinálását, egységes szakvélemény kialakítását, különös tekintettel a környezeti hatásvizsgálatokra;
• a szakterülethez kapcsolódóan oktatási és továbbképzési segédanyagokat készít és oktatási, továbbképzési tevékenységet végez, elsősorban a területi szakemberek képzése céljából. A kutatási tevékenységről szakmai és tudományos fórumokon, továbbképzéseken előadásokat tart, tudományos publikációkat készít;
• környezet-egészségügyi kockázatkommunikáció terén lakossági tájékoztató anyagokat készít.

A Környezetegészségügyi Laboratóriumi Osztály feladatait három laboratórium látja el:

• Levegőhigiénés Laboratórium
• Talajhigiénés Laboratórium
• Vízhigiénés Laboratórium