A szervezeti integritás lényege, hogy az ilyen alapon működtetett szervezet a rendeltetésének megfelelően látja el feladatait: működése átlátható, elszámoltatható, tisztességes, etikus, feddhetetlen. A követetett értékek, célok és az egyes személyek viselkedése összhangban áll, a szervezet és munkatársai minden szükséges lépést megtesznek, hogy a követett értékeknek megfelelően végezzék munkájukat illetve közfeladataikat.

A Nemzeti Népegészségügyi és Gyógyszerészeti Központ működésének meg kell felelnie a Magyar Kormánytisztviselői Kar Hivatásetikai Kódexében foglaltaknak illetve a jogszabályokban meghatározott közérdekű céloknak. A munkatársaknak követniük kell a közszolgálati értékeket, úgymint megfelelő szakmai felkészültség, pártatlanság és elfogulatlanság, a jogszabályok betartása, erkölcsi feddhetetlenség, a közösségi érdekek előtérbe helyezése az egyéni érdekekkel szemben.

Habár az integritás nem pusztán a köznyelvben használt - korrupciós bűncselekményekkel azonosított - korrupciótól mentes állapotot tükröz (hiszen jóval szélesebb kört ölelnek fel a szervezettel szemben támasztott elvárások), mégis az integritásirányítási rendszer kiemelt célja a korrupciómentesség biztosítása.

Az országos tisztifőőorvos a szervezet integritásának biztosítására - az államigazgatási szervek integritásirányítási rendszeréről és az érdekérvényesítők fogadásának rendjéről szóló 50/2013. (II.25.) Korm. rendeletben meghatározott - integritásirányítási rendszert működtet, amelynek fő elemei: a követendő értékek meghatározása, az azok követéséhez való útmutatás, az értékek követésének figyelése illetve szükség esetén kikényszerítése.

Az országos tisztifőorvos az integritásirányítási rendszer működtetésének támogatására integritás tanácsadót jelöl ki.