Az osztály fejleszti az egészségmonitorozás módszertanát, az epidemiológiai vizsgálati protokollokat és meghatározza a magyar lakosság  egészségi állapotának indikátorait, hogy epidemiológiai kutatások során  az eredmények alapján információt szolgáltasson az iskola-egészségügyi  adatgyűjtés valamint lakosság egészségével kapcsolatos témakörökben. E mellett szakami irányelvek és útmutatók  kidolgozását alapozza meg, hogy támogató segítséget nyújtson az egészségügyi szolgáltatók részére, továbbá országos szakmai felügyeletet át el az adat- és információgyűjtés, elemzés, értékelés, információszolgáltatás területén.

Az osztály a veleszületett rendellenességek és ritka betegségek országos felügyeletét ellátva szervezi, összehangolja a népegészségügyi célból, az egészségügyi és a hozzájuk kapcsolódó személyes adatok kezeléséről és védelméről szóló 1997. évi XLVII. törvény által elrendelt, veleszületett fejlődési rendellenességekre és ritka betegségekre vonatkozó adatgyűjtést, együttműködik a klinikai, kórházi és az alapellátásban dolgozó szakemberekkel, európai és nemzetközi szervezetekkel és felsőoktatási intézményekkel, valamint menedzseli, illetve ellátja a veleszületett fejlődési rendellenességek országos surveillance tevékenységét és a veleszületett rendellenességekkel kapcsolatos szakmai, módszertani, kommunikációs, minőségbiztosítási és projekttervezési feladatokat, a folyamatosan gyűjtött adatokat elemzi, statisztikai-epidemiológiai módszerekkel feldolgozza és értékeli, az eredményeket publikálja, adatot szolgáltat hazai és nemzetközi szak-adatbázisok részére.