A főosztály a közegészségüggyel (környezet- és település-egészségügy, gyógyfürdőügy, élelmezés- és táplálkozás-egészségügy, kozmetikai termékek egészségügyi megfelelősége, klímaváltozás, a gyermek- és ifjúságügy közegészségügyi vonatkozásai) kapcsolatos szakmai feladatokat végez.
A főosztály szakterülete vonatkozásában ellátja a kormányhivatalok és járási hivatalok szakmai irányítását (módszertani levelek, állásfoglalások készítése; továbbképzések, munkaértekezletek szervezése; éves kiemelt munkatervi feladatok meghatározása; éves jelentési szempontrendszer kialakítása és a jelentések értékelése; a Miniszterelnökséggel együttműködve, részletes ellenőrzési program kidolgozását követően a megyei kormányhivatalok átfogó- és célellenőrzésében részvétel). A közegészségügyi kompetenciák érvényre juttatása érdekében részt vesz jogszabályok véleményezésében és előkészítésében.
A főosztály szervezeti egységei:
- Település-egészségügyi, Klímaváltozás és Környezeti Egészséghatás Elemző Osztály,
- Élelmezés-, Táplálkozás-, Gyermek- és Ifjúság-egészségügyi Osztály
