Országos hatáskörrel és kizárólagossággal a vonatkozó jogszabályokban meghatározott módon bakteriológiai, mikológiai és parazitológiai járványügyi, referencia és klinikai diagnosztikai vizsgálatokat továbbá megerősítő, verifikáló, valamint tipizáló vizsgálatokat végez.

1. Az osztály kiemelt tevékenységei közé tartozik:
2. A bakteriológia, mikológia és parazitológia területén Nemzeti Referencia Laboratóriumokat működtet: Egészségügyi ellátással összefüggő fertőzések és antibiotikum rezisztencia Nemzeti Referencia Laboratóriuma, Vízzel és élelmiszerrel terjedő bakteriális megbetegedések Nemzeti Referencia Laboratóriuma, Védőoltással megelőzhető invazív bakteriális megbetegedések Nemzeti Referencia Laboratóriuma, Bakteriális zoonózisok Nemzeti Referencia Laboratóriuma, Bakteriális légúti kórokozók Nemzeti Referencia Laboratóriuma, Bakteriális STD Járványügyi Referencia Laboratórium, Humán mikózisok Nemzeti Referencia Laboratórium, "Humán megbetegedést okozó protozoonok és helminthek" Nemzeti Referencia Laboratóriuma;
   • Biztosítja a humán bakteriológiai, mikológiai, parazitológiai hazai és nemzetközi surveillance vizsgálatok laboratóriumi hátterét.
   • Feladatai ellátásához szükséges mikrobiológiai módszerek fejlesztését végzi.
   • Az egészségügyi ellátással összefüggő fertőzések kialakulási feltételeinek tisztázása érdekében környezet- és kórházhigiénés mikrobiológiai vizsgálatokat végez.
   • Járványkivizsgálások támogatására mikrobiológiai diagnosztikai, verifikáló és tipizáló vizsgálatokat végez.
   • Teljes genom vizsgálatokat végez járványügyi eseményekkel összefüggésben, és surveillance támogató céllal, valamint Nemzeti Tipizálási Adatbázisokat tart fenn kórokozónként.
   • Országos szinten elemzi a kórokozó baktériumok antibiotikum érzékenységének változásait a Nemzeti Bakteriológiai Surveillance keretében, és az eredményeket közzéteszi.
   • Fenntartja az Orvosi Baktériumok Magyar Nemzeti Gyűjteményét (Törzsközpont), rendszeresen kiegészíti, biztosítja a standard és referencia törzseket az Osztály, és térítés ellenében az ország járványügyi és egyéb laboratóriumai számára.
   • Diagnosztikus célra antigén, immunsavó készítményeket termel, és ellenőriz.
   • Kétoldalú állandó kapcsolatot tart fenn nemzetközi egészségügyi szervezetekkel (pl. ECDC, WHO, EU regionális és referencia laboratóriumai) járványügyi bakteriológiai, mikológiai és parazitológiai témákban;
   • Minőségirányítási rendszert működtet, melynek keretén belül akkreditált vizsgálatokat végez valamennyi szakterületén.
3. Az osztály 2012 óta akkreditált szakképzőhely: infektológiai és orvosi mikrobiológiai (törzs- és speciális képzés) illetve a megelőző orvostan és népegészségtan (speciális képzés) valamint klinikai mikrobiológia szakvizsga felkészítésre akkreditált.