A főosztály egészségfejlesztési, egészségtudatosság fejlesztési, egészségmonitorozási, iskolai egészségfejlesztési elemző, veleszületett rendellenességek és ritka betegségek surveillance, valamint drogmegelőzési és eltereléssel kapcsolatos feladatok országos felügyeleti szakmai tevékenységet végez.

A főosztály szakterülete vonatkozásában ellátja a kormányhivatalok és járási hivatalok szakmai irányítását (módszertani levelek, állásfoglalások készítése; továbbképzések, munkaértekezletek szervezése; éves kiemelt munkatervi feladatok meghatározása; éves jelentési szempontrendszer kialakítása és a jelentések értékelése; a Miniszterelnökséggel együttműködve, részletes ellenőrzési program kidolgozását követően a megyei kormányhivatalok átfogó- és célellenőrzésében részvétel). Az egészségfejlesztési és egészségmonitorozási kompetenciák érvényre juttatása érdekében részt vesz jogszabályok véleményezésében és előkészítésében.

A főosztály szervezeti egységei:

1. Egészségfejlesztési Osztály,
2. Egészségmonitorozási Osztály,
3. Drogmegelőzési Programok Osztálya.