Az oltóanyag biztonságos. Nem tartalmaz sem élő vírust, amely szaporodhatna a szervezetben, sem genetikai anyagot, amely a sejtekbe beépülve megváltoztathatná annak működését. A HPV elleni oltóanyaggal már több millió nőt oltottak be világszerte. A leggyakoribb mellékhatás, amelyet a klinikai vizsgálatok kimutattak a HPV elleni védőoltással kapcsolatban az oltás helyén fellépő enyhe duzzanat, bőrpír, múló fájdalom, esetleg fejfájás volt. Az esetek kevesebb, mint 10, de több mint egy százalékában figyeltek meg émelygést, viszketést, ízületi fájdalmat, illetve hőemelkedést. Ezek a kellemetlenségek rövid időn belül maguktól elmúlnak. Fontos hangsúlyozni, hogy a védőoltással járó esetleges kellemetlenség jóval kisebb kockázatot jelent annál, mint amit egy, a védőoltás hiányában esetlegesen kialakuló rákos megbetegedés jelenthet.