A vakcinák kölcsönhatásba lépnek az immunrendszerrel, és immunválaszt váltanak ki, de nem okoznak betegséget, és nem teszik ki az immunizált személyt a fertőző megbetegedés lehetséges szövődményeinek. Ezzel szemben a természetes fertőzésen keresztüli immunitás megszerzésének ára lehet: Haemophilus influenzae b (Hib) fertőzés esetén maradandó idegrendszeri károsodás, rubeola esetén a magzati születési rendellenességei, hepatitis B vírus esetén májzsugor vagy májrák, a kanyaró okozta szövődmények pedig akár halálhoz is vezethetnek.