Ritkán, de előfordulhatnak bizonyos szövődmények mind a beavatkozás közben, mind utána. Főként, ha szövettani mintavétel vagy polipeltávolítás is történt. Beavatkozás közben az egyik rendkívül ritkán előforduló, viszont sürgős, sebészeti ellátást igénylő szövődmény a bél átfúródása. A szűrőprogramban részt vevő vastagbéltükrözést végző szakrendelések/szakambulanciák minden esetben rendelkeznek sebészeti háttérrel. A szövődmények nem mindig jelentkeznek közvetlenül a vizsgálat után, ezért az alábbi tünetek észlelése esetén azonnal jelentkezzen háziorvosánál vagy hívja a mentőket: idővel nem enyhülő hasi fájdalom, görcsösség, puffadás, hasmenés, nagy mennyiségű vért tartalmazó széklet.